Wasserbetten erlangen in der Gegenwart ein stetig wachsendes Interesse. Der Bundesbürger verspricht sich dabei den empirisch belegbaren erholsameren Schlaf und als präventive Maßnahme vor Rückenschäden garantiert das Wasserbett das Wohlbefinden des Schlafenden. Doch insbesondere der gesundheitliche Aspekt bei einer Matratze kann nur mit der richtigen Reinigung des Wasserbettes vollends erzielt werden. Hygiene ist schließlich nicht umsonst eines der Hauptkriterien für eine gesunde Lebenswiese. Um eine richtige Reinigung des Wasserbettes vornehmen zu können, müssen die Kenntnisse über eine adäquate Reinigung bekannt sein. Ebenso ist zwischen der Reinigung der Wassermatratze von Innen und Außen zu differenzieren. Die Außenfläche der Wassermatratze reinigt sich wie jede andere Matratze. Der Innenraum der Matratze, in welcher sich das Wasser befindet hingegen sollte alle drei Monate richtig gereinigt werden. Für die Reinigung benötigt man einen Vinyl Reiniger, um den Wasserfolienkern zu reinigen. Mit diesem speziellen Reiniger wird das Vinyl von außen gesäubert. Ebenso sollte dieses mit einer Creme bestrichen werden, um es zu schützen. Dadurch entsteht ein auch schmutz abweisender Schutzfilm um das Vinyl.
Das Wasser in der Matratze sollte jedes Jahr zumindest einmal gereinigt werden. Dies ist nicht nur für die Frische des Bettes wichtig, sondern ebenso aus dem Grund, damit sich in der Wassermatratze keine Algen bilden. Für die Reinigung bedarf es eines Konditionierers. Die regelmäßige und konsequente Anwendung dieses Reinigers ermöglicht den Vorteil für den Wasserbettbesitzer, dass das Wasser im Prinzip nie vollständig ausgewechselt werden muss. Schließlich bietet sich diese aufwändige Prozedur aber ebenso als Reinigungsverfahren der Matratze an. Bei stark festsitzenden Gerüchen muss letztere Variante angewendet werden. Gleiches Reinigungsverfahren muss angewendet werden, wenn die Matratze in der Vergangenheit unregelmäßig oder auch im drastischsten Fall nie gereinigt worden ist. Dabei sollte das Wasser zusätzlich mit einer spezifisch für Wasserbetten hergestellte Reinigungssubstanz versehen werden. Der Stoffbezug der Matratze sollte je nach Material in der Waschmaschine bei 60 Grad gewaschen werden.